с 12 мая 2008 по настоящий момент (2019 год) — директор ФСБ России. Генерал армии (2006).

с 25 мая 2008 по настоящий момент (2019 год) — председатель Национального антитеррористического комитета, председатель Совета руководителей органов безопасности и спецслужб стран СНГ. Постоянный член Совета Безопасности Российской Федерации. Полный кавалер ордена «За заслуги перед Отечеством».

Соучастии в антиконституционном перевороте и узурпации власти, уничтожении демократических институтов, организации политических убийств и репрессий, военных преступлениях, развязывании агрессивных войн, аннексии территории иностранных государств, организации и поддержке международной террористической деятельности.

Под руководством Бортникова был завершен процесс превращения ФСБ в один из основных карательных органов путинского режима. Вместо выполнения своих непосредственных функций, то есть, обеспечения безопасности государства и общества, ФСБ, руководимая Бортниковым, развернула тотальное наступление на права и свободы человека и гражданина в РФ. Служба, которая в силу своего предназначения должна была бы охранять конституционный строй РФ, фактически сконцентрировала свои усилия на сломе этого строя. Сотрудники ФСБ, во главе с Бортниковым, помогали Путина осуществить антиконституционный переворот, узурпировать, уничтожить в стране политическую конкуренцию, свободные СМИ, независимые партии и общественные объединения, осуществляли и продолжают осуществлять политические преследования инакомыслящих, оппозиционеров и гражданских активистов.

Бортников возглавлял ФСБ в период пятидневной войны с Грузией, закончившейся оккупацией грузинской территории, а также в период аннексии Крыма и войны на Юго-Востоке Украины. Руководимые Бортниковым, сотрудники ФСБ устроили в аннексированном Крыму репрессии против крымских татар, которые массово преследуются, похищаются, подвергаются обыскам, задержаниям, арестам и отправляются в неволю по сфабрикованным ФСБ делам.

Также именно под руководством Бортникова сотрудники ФСБ развернули в стране кампанию по борьбе с религиозными меньшинствами, в нарушение права на свободу совести и религиозных объединений, закрепленное в Конституции РФ и международно-правовых актах. Особенно сильному давлению подверглись "Свидетели Иеговы", основная религиозная организация которых ("Управленческий центр "Свидетелей Иеговы " в России") была признана экстремистской и запрещена на территории России, а все ее последователи стали потенциальными экстремистами в глазах государства. "Свидетелей Иеговы" преследуют на всей территории Российской Федерации, проводят у них обыски, задерживают, подвергают пыткам, предъявляют обвинения в участии в экстремистской организации. По данным обвинениям "Свидетели Иеговы" получают реальные сроки заключения, как, например, датский подданный Дэннис Кристенсен, который был приговорен к 6 годам лишения свободы за организацию деятельности "экстремистской организации".

ФСБ, возглавляемое Бортниковым, фабрикует уголовные дела, против активистов оппозиции и просто недовольных, организуя, в том числе, настоящие мистификации, создавая руками внедренных провокаторов "экстремистские сообщества", как это было в случае с делом "Нового величия". Или активно использует пытки, выбивая нужные показания и фальсифицируя за счет этого уголовные дела об экстремистских организациях, что имело место в случае с делом "Сети", в котором большая часть фигурантов была подвергнута жестоким пыткам. Директор ФСБ (Бортников) ни разу не осудил действия своих подчиненных, не подверг их сомнению, не прекратил фальсификацию уголовных дел и пытки, а, значит, несет за все это полную ответственность.

В декабре 2017 года Бортников дал большое интервью Российской газете, в котором фактически выступил с оправданием репрессий, которые осуществляли предшественницы ФСБ: ВЧК, ОГПУ, НКВД, В частности, говоря о методах работы ВЧК, Ботников заявил, что "чрезвычайность ситуации диктовала необходимость принятия чрезвычайных мер".