Президент республики Южная Осетия (2001 - 2008).
В 1999 - 2001 годах Кокойты работал помощником депутата Госдумы России от Северной Осетии Анатолия Чехоева.
18 декабря 2001 года Эдуард Кокойты избран на должность президента Южной Осетии.
Содействовал агрессии России против Грузии, оккупации части грузинской территории российскими войсками, убийству мирных жителей и грузинских военных в 2008 году. Руководил вооружёнными формированиями. Руководил оккупационной администрацией в республике Южная Осетия с 2008 по 2011 год.
Выступил с предложением создать на территории Южной Осетии военную базу РФ на постоянной основе.
По мнению Форума свободной России, Эдуард Кокойты является международным преступником.